A Comunidade Coração Novo nasceu ao redor do trabalho e ministério musical e de evangelização de Izaias de Souza Carneiro, fundador da Comunidade Coração Novo, no ano de 2002, a partir da necessidade de ter um lugar mais acessível para receber as pessoas para marcar agendas de missão, além de, estas mesmas pessoas, terem o desejo de serem aconselhadas e rezarem juntos com o Izaias. Desta maneira, Izaias alugou na Rua Macapuri, na Penha, uma sala comercial, inaugurada no dia 05 de maio de 2002, onde iniciou-se algumas orações às quintas-feiras, com a ajuda da Lia e do Sérgio na organização a pedido da Teresinha, atualmente madrinha de casamento do Izaías e Patrícia. Na época, a Rádio Catedral divulgou estes encontros semanais e iniciou-se a Missão Coração Novo.

Muitas pessoas, então, frequentavam esta sala na Penha e havia muita procura e necessidade por formações e ensinamentos. Izaias reportou-se, na época, ao responsável pelo Vicariato da Leopoldina, Dom Rafael, pedindo orientações sobre como proceder neste caso, além de buscar orientações com padres próximos e na paróquia Bom Jesus da Penha, a qual Izaias era paroquiano.

Um tempo depois, devido à necessidade de um local maior, as pessoas começaram a rezar, pedindo a Deus um local maior para que pudessem se encontrar. Padre Gino Serafim, diretor espiritual do Izaías na época e que fazia o acompanhamento periódico do trabalho ali prestado ao povo, disse de uma casa da Arquidiocese no Engenho Novo que, poderia ser ocupada para fins religiosos.

No ano de 2004, em 17 e 18 de janeiro, a Comunidade foi transferida para a casa situada na Rua Baronesa do Engenho Novo, 311, onde anteriormente funcionava o dispensário São José. Neste mesmo ano, em 18 de junho de 2004, a Comunidade recebeu as primeiras promessas temporárias de membros aliançados. Em 26 de junho de 2004, Izaías casa-se com Patricia de Sousa Gonçalves, tornando-se portanto, a co-fundadora desta obra, uma vez que este matrimônio é um dos testemunhos para formação de vida em família e, por consequência, de vida comunitária.